植物大战僵尸2的关卡设计丰富多样，根据游戏世界观划分为多个主题场景，每个场景包含不同难度和特色的关卡。游戏采用地图形式呈现关卡，玩家需要按照顺序解锁并挑战。主要场景包括神秘埃及、海盗港湾、狂野西部、功夫世界、未来世界、黑暗时代、巨浪沙滩、冰河世界、天空之城、失落之城、摇滚年代、恐龙危机、摩登世界等，每个场景包含20-30个常规关卡和若干特殊关卡。
关卡类型主要分为普通关卡、特殊条件关卡和Boss关卡三种。普通关卡是基础玩法，玩家需要布置植物防线抵御僵尸进攻。特殊条件关卡会限制阳光数量、禁止使用某类植物或要求保护特定目标等，考验玩家策略调整能力。Boss关卡在每个场景末尾出现，需要对抗强大的僵尸博士，这类关卡通常分为多个阶段，玩家需要针对Boss的特殊技能制定战术。
游戏中的无尽模式是独立于主线关卡的特殊玩法，该模式下僵尸会持续不断进攻，难度随波次提升。无尽模式每周轮换不同主题场景，玩家需要组建强力植物阵容应对高强度挑战。禅境花园和迷你游戏也属于特殊关卡类型，前者提供休闲玩法，后者则包含保龄球、传送带等趣味模式，这些关卡不强制推进主线进度但能获取额外奖励。
关卡难度曲线设计合理，前期关卡主要帮助玩家熟悉基础植物特性，中期引入更多僵尸种类和地形变化。后期关卡需要精确计算阳光消耗和植物搭配，部分关卡存在隐藏机制，如黑暗时代的迷雾效果或未来世界的时空裂缝。合理利用能量豆和植物大招是通关高阶关卡的关键，某些特殊植物如寒冰射手、火龙草等在不同场景能发挥显著效果。
关卡进度与植物收集系统相互关联，通关后解锁的种子包可用于强化植物属性。重复挑战已通关关卡可获得额外奖励，但不会改变关卡核心机制。部分隐藏关卡需要满足特定条件才会出现，如收集全部星星或完成支线任务。游戏内提示系统会标注关卡难点，建议新手优先完成教学关卡以掌握基础操作。
