摧毁城邦是一个需要慎重考虑的战略决策。城邦作为独立的政治实体，虽然不会参与胜利竞争，但与它们的关系会直接影响游戏进程。摧毁城邦会永久消除其提供的独特加成和使节系统带来的收益，同时可能引发外交连锁反应。城邦分为贸易、宗教、科学、文化、工业和军事六种类型，各自提供不同领域的增益效果，失去这些加成就意味着放弃潜长期发展优势。
摧毁城邦最直接的影响是失去宗主国地位带来的特殊奖励。成为城邦宗主国可获得开放边界、资源开发权以及雇佣城邦单位的权利，这些优势会随着游戏进程愈发重要。特别是工业和文化类城邦的加成，对中后期发展尤为关键。当城邦被摧毁后，其所属领土将变为自由城市或被占领，这可能导致周边文明忠诚度压力发生变化。需被摧毁的城邦无法恢复，即使通过蛮族转换机制也不会重新生成相同类型的城邦。
从外交层面看，攻击城邦会立即摧毁所有已派遣的使节，并显著增加好战度。其他文明特别是该城邦的原宗主国会对此产生强烈不满，可能导致联合谴责或宣战。如果该城邦存在奇观，摧毁行为将永久失去这些奇观带来的收益。某些文明如德国拥有与城邦交互的特殊能力，摧毁城邦会使这些特色玩法失效。在多人对战中，攻击中立城邦还可能导致被其他玩家孤立。
军事角度而言，占领城邦比彻底摧毁更具战略价值。占领后可以保留部分基础设施和人口，同时获得新的城市据点。摧毁城邦虽然能消除潜在威胁，但会损失长期收益。城邦防御相对较弱，但围攻时仍需注意其可能获得其他文明的支援。在特定胜利条件下，如宗教或文化胜利，保留相关类型城邦往往比摧毁更有利。
