英雄无敌5的背景故事延续了魔法门系列的史诗世界观，但与前作不同的是，本作将舞台转移至全新的亚山大陆（Ashan），构建了一个以龙神信仰为核心的奇幻体系。故事开端围绕狮鹫帝国的尼可莱国王与伊莎贝尔女皇的婚礼展开，恶魔势力突然入侵，打破了和平表象，引发了一系列涉及种族纷争、阴谋与救赎的连锁事件。亚山世界的六大种族——圣堂（人类）、地狱（恶魔）、墓园（亡灵）、森林（精灵）、学院（术士）以及资料片新增的矮人和兽人，各自背负着不同的历史使命与信仰冲突，而黑暗弥赛亚的预言成为贯穿全篇的核心线索。
剧情的核心矛盾源于恶魔大君卡贝勒斯的阴谋，他试图通过操控伊莎贝尔女皇诞下黑暗弥赛亚，以此打破凡间与魔界的壁垒。这一计划牵扯出历代英雄的宿命纠葛，例如精灵英雄芬丹需要集结翡翠龙对抗恶魔，而亡灵领主埃兰提尔则试图揭穿预言背后的真相。故事通过六个种族的战役逐步展开，每个战役的叙事既独立又相互关联，最终拼凑出完整的阴谋全貌。英雄无敌5的剧情更注重角色心理描写，例如伊莎贝尔从天真女皇到被黑暗侵蚀的转变过程，体现了权力与信仰对人性的考验。
世界观设定上，亚山大陆的龙神信仰体系取代了前作的元素秩序，六大龙神分别对应不同种族的守护力量。例如光明之龙艾尔拉思庇佑圣堂，而黑暗之龙马拉萨则与墓园势力关联。这种设定让种族冲突更具神话色彩，同时也解释了魔法与兵种特性的差异。资料片命运之锤和东方部落进一步扩展了矮人的锻造文明与兽人的萨满传统，使世界观更加立体。游戏通过场景细节（如亡灵族的凋零之地、精灵族的迷雾之森）强化了叙事沉浸感。
从叙事结构来看，英雄无敌5采用了多线并行的方式。玩家通过不同种族战役的视角，既能体验到圣堂的人类复兴史诗，也能感受到地牢势力对魔法本质的追求。这种设计不仅丰富了剧情层次，也让玩家在战略玩法之外获得角色扮演的体验。例如森林战役中，芬丹需要修复精灵族与翡翠龙的裂痕，而学院战役则聚焦于术士们对知识权力的争夺。所有支线最终都指向黑暗弥赛亚的终极威胁，形成统一的叙事闭环。
作为系列重启之作，英雄无敌5在保留经典回合制策略框架的同时，通过亚山大陆的新设定为后续作品奠定了基础。其故事虽然独立于前四代，但继承了魔法门系列一贯的宏大叙事风格，将种族兴衰、个人抉择与神性干预紧密结合。游戏中对光明与黑暗并非绝对的探讨，以及英雄在命运洪流中的挣扎，都让剧情超越了简单的善恶对立，呈现出更复杂的叙事深度。
