铲除已种植的种子需要根据作物生长阶段采取不同操作。对于未成熟的作物，直接使用锄头对准耕地点击即可清除，耕地将恢复为普通土地状态，但种子会被消耗且无法回收。若作物已成熟，需先使用镰刀收割果实，再用锄头清理耕地。温室或姜岛种植的作物同样适用此规则，但需注意温室地板上的果树不可直接铲除，必须使用斧头砍伐。
清理混合种子或野生种子时需特别注意其随机性。这些种子可能长出杂草、石块或可收获作物，若出现杂草需用镰刀清除，石块需镐子敲碎。使用炸弹虽能快速清理大片区域，但会无差别破坏作物与耕地，慎用。耕地消失可能是因季节更替或未放置稻草人导致乌鸦破坏，重新开垦需先用斧头清除残留杂草木桩，再用锄头整地。
上古种子等特殊作物铲除前需权衡收益。上古水果成熟后每7天可重复收获，铲除前建议通过种子生产器将果实转化为新种子。温室种植的上古作物可实现全年收获，非必要不建议铲除。若需调整布局，清除后需重新经历28天生长期，时间成本较高。果树铲除需连续五天用斧头砍伐，成熟果树会掉落相应水果但无法回收树苗。
金质以上锄头可同时清除3×3范围耕地，铱锄头扩展至6×3。利用此特性可快速重整大面积农田，但需注意工具蓄力时可能误伤相邻作物。洒水器覆盖区域的耕地清理前需先回收洒水器，否则将随耕地一并消失。雨季时无需浇水但仍需手动清理作物，自动化设备仅免除浇水步骤。
针对不同农场类型需采用差异化策略。森林农场的可耕地面积有限，清理时应优先保留高品质作物区域。沙滩农场需频繁清理被潮水带来的杂物，建议配备自动采集器。四角农场划分区域管理时，可借助栅栏隔离待清理区域避免误操作。所有农场在冬季来临前应系统清理枯萎作物，避免影响来年春耕效率。
被清除的作物可通过回收机转化为纤维或粘土，但无法返还种子。利用草料转换器可将杂草变为饲料，适合同时经营牧场的玩家。铲除过程中获得的野生物品如树液、蘑菇等，应分类存放用于合成或献祭。建议在农场边缘设置专门回收区，集中处理铲除产生的副产品以提升管理效率。
