游戏中的关卡可分为主线关卡、支线关卡和特殊挑战三大类型。主线关卡是推动剧情发展的核心内容，完成特定数量主线后会解锁对应世界的三星挑战模式。支线关卡通常需要收集钥匙开启，这些关卡往往包含独特的玩法机制或特殊限制条件。特殊挑战关卡则分布在各个世界中，包括传送带模式、限定植物数量等多样化玩法，考验玩家对植物特性的理解程度和即时应变能力。
关卡难度设计注重循序渐进，前期主要考察阳光管理和基础阵型布置能力。中期开始引入环境互动元素，如埃及地图的墓碑、海盗湾的甲板裂隙等，这些地形特征会直接影响植物种植位置的选择。后期关卡则更强调对特殊僵尸的针对性克制，需要合理搭配控制型植物和范围伤害植物。某些关卡会限制阳光使用量或植物数量，这类限制条件迫使玩家改变常规战术思路。
游戏中的Boss关卡分布在各个世界的结尾部分，这类关卡采用多阶段战斗设计。Boss会周期性释放特殊技能，玩家需要把握攻击节奏并保留能量豆应对关键阶段。部分隐藏关卡需要达成特定条件才会出现，通常包含独特的游戏机制和丰厚的通关奖励。无尽模式作为后期挑战内容，会持续提升僵尸强度，考验玩家阵容的持续作战能力和资源管理技巧。
关卡评价系统基于三个维度：植物损失数量、阳光消耗量和特殊条件达成情况。达成全部条件可获得三星评价，这需要精确计算每个阳光的使用效率并优化植物摆放位置。某些关卡存在特定的通关技巧，如利用植物特性组合或地形优势，但这些方法都需要建立在扎实的基础操作之上。
