宝箱并非全部集中在藏宝地，藏宝地只是游戏中一种特定的、高密度宝箱刷新点，而大量宝箱实际上广泛散布于整个开放世界的各个角落。游戏世界探索的主要乐趣之一就是发现这些散落的宝箱，它们遍布于山脉、森林、河流边、废墟和建筑物的各个角落。比如在巨石原区域，宝箱可能藏在崎岖山壁的凹陷处、岩石背后、巨石林的狭窄缝隙中，或是湖泊河流边的水草丛和岩石背面，这些都需要玩家细心观察环境才能发现，登高望远从高处俯瞰也是寻找这类宝箱的有效技巧。而在卡庇托山这样的区域，宝箱则可能隐藏在大门附近、山顶平台的岩石后面、瀑布后的洞穴里，或是雕像背面的通道中，充分体现了宝箱分布的无处不在和与场景的结合。
除了位置分散，宝箱的种类和获取方式也多种多样，并非单一模式。最基础的是随机宝箱，它们没有守卫，可以直接开启。更为常见的是怪物守护型宝箱，周围通常有若干野生怪物看守，玩家需要击败所有守卫才能解锁宝箱。另一种有趣的机制是金色蝴蝶宝箱，当玩家靠近地图上随机出现的金色蝴蝶时，它会引导玩家前往宝箱的具体位置。游戏中还存在大量需要解谜才能获得的宝箱，例如需要激活特定机关、完成拼图、按顺序踩踏压力传感器，或是击败特定敌人后才会出现。
一些宝箱的获取还关联着更复杂的任务或收集流程，并非简单探索就能完成。例如在稷廷遗址，玩家需要通过压力传感器激活和能量矩阵拼图两个独立的解谜环节，分别获得两枚引导晶核，最后将晶核提交到山顶平台的基座，才能解锁最终的金宝箱。类似地，部分宝箱的开启需要玩家先完成世界任务，像在谷北地，玩家需要护送天才工程师并完成任务，才能获得打开特定门禁的许可，从而取得后面的宝箱。
想要收集更多宝箱，需要结合多种探索策略。一方面要关注地图上标记的藏宝地，那里是宝箱的富集区。另在常规跑图时也要保持敏锐，多利用角色的攀爬、滑翔和钩锁等移动技能到达非常规区域。靠近山体、岩石、水域边缘、建筑废墟等地方时，要有意识地多转换视角观察，留意环境中的特殊标记、符文或光源，它们往往是宝箱的线索。对于需要解谜或战斗的宝箱，则需耐心应对。
