军师系统是少年三国志零中影响战局的核心玩法之一，其功能分为计谋、法器、奇门三大模块。计谋作为军师的主动技能，包含伤害、控制、治疗等效果，需在13级后消耗兵法心要升级，升级过程存在暴击概率。法器功能20级解锁，通过军师碎片提升技能效果并解锁被动能力。奇门系统同样20级开放，为特定武将提供属性加成，需根据阵容特性选择适配的军师类型。
军师获取途径包括主线任务、巅峰论战、VIP奖励及活动兑换。荀彧可通过主线任务解锁，周瑜需连续登录三日领取，貂蝉则需VIP等级达标。不同军师碎片来源差异显著，水镜碎片易获取适合平民，周瑜、张宝等需通过特定玩法积累。军师强度与培养深度直接相关，高星军师通过碎片升星可激活更强法器效果，但需平衡资源投入与阵容需求。
战斗布阵阶段需在备战界面更换军师，长按目标军师拖拽至已上阵位置即可完成替换。军师选择需遵循先定阵容后选军师原则，例如弓手阵容优先周瑜，黄巾召唤流必选张宝，防御型阵容适配荀彧。军师技能释放时机影响战局走向，控制类计谋应在敌方聚集时使用，增益技能需配合主力输出节奏。
太学系统32级开启后，需消耗火雷风水四系秘术图卷激活军师被动技能树。火系提升初始计力，雷系强化召唤物等级，水系增加治疗效果，风系加速计力回复。后期需均衡发展各系技能，不存在绝对优先级，最终目标为全系技能点满。军师奇门效果与太学技能叠加后，能显著提升对应流派武将的实战表现。
实战中需根据敌方阵容动态调整军师策略。对抗高爆发阵容时可选用荀彧提供护盾和治疗，面对召唤流敌军时优先使用范围伤害型计谋。PVE玩法如长坂坡侧重持续输出与治疗，需配置荀彧配合骑兵阵容；竞技场则更依赖控制链衔接，水镜或貂蝉的眩晕技能更具战术价值。
