空间站黑塔作为游戏初期场景，共包含47个宝箱，分布于基座舱段、收容舱段和支援舱段。基座舱段的11个宝箱中，第10个需完成主线任务序章·漩涡止于中心，而第11个则需解锁阿兰的系列短信任务（如复兴之路人非草木·其一等）。收容舱段20个宝箱分两层，第一层1-12号集中于走廊与实验室，第二层13-20号需通过解谜或击败守护敌人获取。支援舱段的15个宝箱包含触不可及任务中的隐藏宝箱，部分需3天现实时间推进才能解锁。
雅利洛-Ⅵ是宝箱数量最多的区域，总计123个，涵盖行政区、大矿区、铆钉镇等10个子地图。大矿区的21个宝箱需完成铁道之夜系列任务，其中14号宝箱需通过桑博的短信任务生存智慧获取藏宝图线索。铁卫禁区的16个宝箱包含多个解谜环节：如3号宝箱需修复机器人并护送，14号宝箱需完成庸人的容器系列任务。边缘通路的15个宝箱中，部分需通过推箱子解谜或与NPC互动解锁。宝箱地图界面会显示当前区域的收集进度，但无具体坐标标记。
仙舟罗浮的55个宝箱以分阶段任务为特色。星槎海中枢的11个宝箱较易获取，而流云渡、回星港等区域需完成现实时间推进的限时解谜。流云渡的时刻表需连续3天调整钟表，每日通过NPC对话（如梓桥、子衿）解锁新宝箱。工造司的公输师傅任务要求玩家连续3天完成匣里流光光线反射解谜，每日解锁1个宝箱。太卜司的绘星任务需通过拼图互动获取隐藏宝箱。
